יש מנהגים שונים בעניין הצורה בה תיקבע המזוזה. בגדול, נוהגים בני אשכנז לקבוע את המזוזה בצורה אלכסונית ובני ספרד קובעים אותה בצורה אנכית. יש מנהגים שונים גם בקרב שתי הקהילות. כאשר יש גם בין בני אשכנז שקובעים מזוזה כמו בני עדות המזרח. וכך גם בקרב בני עדות המזרח יש מי שקובע את המזוזה באלכסון.

את המזוזה יש לקבע אל המשקוף בעזרת מסמרים. או לחילופין עם דבק דו צדדי חזק. שימנע נפילה של המזוזה מהמשקוף.

אם המזוזה מתנדנדת והיא לא קבועה במקומה, היא פסולה. ישנה גם אפשרות לחפור בתוך הכותל ולקבוע בתוכה את המזוזה.

מזוזה שנכתבה בכתב ספרדי היא כשרה גם לבני אשכנז וכן להיפך. עם זאת, תמיד עדיף להדר וכל אחד ירכוש מזוזה הכתובה על פי מנהגיו.

כאשר קובעים מזוזה גם אם מחליפים אותה באחרת. כלומר מזוזה בכתב אשכנזי המוחלפת למזוזה הכתובה בכתב ספרדי. או המחליף מזוזה בעת שהוא בא להתגורר בדירה בה כבר יש מזוזות. וכך גם כאשר אדם בדק את מזוזותיו ורוצה לקבוע און בשנית. נהוג לברך על קביעת המזוזה. אם מדובר במספר מזוזות בבית, מברכים רק על אחת מהן וזה כבר פוטר את הכול.